يقع المسجد الأزرق في قلب مدينة مزار شريف في شمال أفغانستان . وتقول رواية في أفغانستان أنّ الإمام علي بن أبي طالب مدفون في مدينة مزار شريف وليس في النجف في العراق وأنّ المدينة سمّيت  مزار شريف (الضريح المقدس) بعد اكتشافهم قبر الإمام علي، على إحدى التلال الموجودة فيها.
وكان قد أعيد بناء المسجد في القرن الخامس عشر من قبل السلطان حسين ميرزا بيغراه بعد أن دمّره غزو جنكيز خان للمنطقة في العام 1220.
وبعد العام 1910، وعلى مرّ السنين، أضيفت إلى المسجد مقابر عديدة وذات مساحات متفاوتة مخصّصة لعدد من الزعماء السياسيين والدينيين الأفغان.