بعد اتهامه بإهانة المُعلمين وهيئة التدريس في مصر، وتهديد نقابة العلماء برفع دعوى قضائية لوقف المسلسل، يواجه مسلسل "أستاذ ورئيس قسم" اتهاماً جديداً، حيث قام مؤلف يُدعى زكي عبدالهادي برفع دعوى قضائية ضد المؤلف يوسف معاطي والفنان عادل إمام؛ وأيضاً المنتج تامر مرسي، يتهمهم باقتباس قصة المسلسل بالكامل من كتابه الذي يحمل نفس الاسم وقام بإصداره عام 2007.

وطالب زكي عبدالهادي؛ من خلال الدعوى التي أقامها، بتعويض خمسة ملايين جنيه نظير حقه في تأليف قصة المسلسل، بالإضافة إلى تعويض عن حقه في تصوير وعرض المسلسل دون وجه حق.

وحددت محكمة الأمور المستعجلة بعابدين الدائرة الرابعة صباح يوم الأربعاء 8 تموز (يوليو) المقبل للنطق بالحكم بوقف العرض، وسيتم توجيه إنذار لنقابة المهن السينمائية للتحقيق في هذا الأمر.