دائماً ما تواجه بعض الأعمال الدرامية أزمات ومشاكل خلال تصويرها، لكن ما يحدث مع مسلسل "أرض النعام" جعله بالفعل مسلسل الأزمات ، فقبل أيام قليلة من تصوير المسلسل، فاجأ المخرج محمد سامي شركة الإنتاج باعتذاره عن تولي مهمة إخراج هذا العمل الدرامي بسبب رغبته في الهجرة إلى أميركا، لشعوره بتعرضه للعديد من الضغوط والانتقادات في مصر، ورغم أن البعض يعتقد أن هذا هو السبب الحقيقي وراء اعتذار سامي عن إخراج مسلسل "أرض النعام"، إلا أن مصادر من المسلسل أكدت لـ"لها" أن نشوب خلافات بين محمد سامي والمنتج عاطف كامل هو سبب حدوث هذه الأزمة، والتي أنقذتها غادة سليم بموافقتها على تولي مهمة الإخراج.

ومع بدء تصوير المشاهد الأولى، أعلن المنتج عاطف كامل عن تأجيل تصوير مشاهد روبي بسبب حملها من زوجها المخرج سامح عبدالعزيز في الشهور الأولى، ورغبتها في التزام تعليمات الطبيب بالراحة وعدم بذل مجهود. حمل روبي تسبب في انتشار شائعات كثيرة حول انسحابها من المسلسل، إلا أن المنتج نفى هذا الكلام، وأكد انتظار تحسن الحالة الصحية لروبي لاستئناف تصوير مشاهدها.

واجه مسلسل "أرض النعام" أزمة ثالثة كادت تقضي على حياة الفنان أحمد زاهر، الذي يشارك في البطولة.
فخلال تصوير أحد المشاهد كاد يفقد السيطرة على السيارة التي كان يقودها على حافة جبل، لكن العناية الإلهية أنقذته في اللحظة الأخيرة، إلا أن هذا الحادث أصاب أحمد بحالة نفسية صعبة جعلته يطلب من المخرجة غادة سليم الحصول على إجازة لمدة يومين.

ورغم تحسن الأوضاع الأمنية في مصر، إلا أن فريق عمل المسلسل فوجئ بهجوم بعض البلطجية المسلحين عليه أثناء التصوير بإحدى الشقق في القاهرة، وقاموا بتكسير معدات التصوير واعتدوا بالضرب على بعض العاملين بالمسلسل، الأمر الذي أجبر المنتج عاطف كامل على وقف تصوير المسلسل لعدة أيام حتى تتحسن الحالة الصحية والنفسية لكافة فريق العمل.